一、定义不同：
两者的定义分别如下：
中间体：Intermediate：原料药工艺步骤中产生的、必须经过进一步分子变化或精制才能成为原料药的一种物料。中间体可以分离或不分离。
医药中间体，实际上是一些用于药品合成工艺过程中的一些化工原料或化工产品。这种化工产品，不需要药品的生产许可证，在普通的化工厂即可生产，只要达到一些的级别，即可用于药品的合成。
FDA对于主要中间体的归纳分为：
a.枢纽中间体：可由不同方法合成的中间体;
b.关键中间体：通常是分子中重要部分第一次形成的中间体。如：具有立体异构的分子第一次引入手性原子的中间体。可以理解为药物合成的主体部分。
c.最终中间体：原料药合成最终反应的前一步。
原料药：Active Pharmaceutical Ingredient (API)(or Drug Substance) – 活性药用成分：旨在用于药品制造中的任何一种物质或物质的混合物，而且在用于制药时，成为药品的一种活性成分。此种物质在疾病的诊断，治疗，症状缓解，处理或疾病的预防中有药理活性或其它直接作用，或者能影响机体的功能和结构。
从定义中可以看出，中间体是制作原料药的前道工序的关键产物，与原料药结构不同。另外，药典中有原料药的检测方法，但是没有中间体的。
二、认证方面的区别：
目前FDA要求中间体必须进行注册，CEP则不用，但是CTD文件中要有中间体的详细工艺描述。而国内，对中间体没有GMP强制要求。
由API企业提交的，如果API合成路线非常简单，如只有一步反应，FDA认为风险控制不足，就非常有可能去延伸检查中间体。中间体管理一般按照ISO或者结合Q7a，有质量体系管理就可。
三、从新药开发的角度说，原料药是经过充分药学研究可以安全的用于人体起治疗诊断作用的一个化合物; 而中间体是合成原料药过程中的化合物，不一定具备治疗作用或者有毒性。注意，这里说的是不一定，有些原料药合成过程中的中间体也是原料药。
四、从药事管理的角度说，原料药要依法向药监当局（在中国是国家食品药品监督管理总局，在美国是FDA，在欧洲是EMA）申请注册，取得批准文号后在符合GMP的厂房中合成; 而中间体只是合成原料药过程中的中间产物，不需要取得文号。需要说明的是与原料药同样的化合物没有取得文号或者不是在GMP厂房中生产都不是原料药。
举例说明：
阿莫西林胶囊叫制剂，阿莫西林叫原料药，6-APA叫中间体。
头孢曲松钠粉针叫制剂，无菌头孢曲松钠叫原料药，7-ACA叫中间体。
五、二者之间的关联：
1、两者的具体物质不同
医药中间体又被称之为有机医药中间体，指的是一种半成品，是生产某些产品当中的一种产物。而原料药指的是药物的活性成分，也是构成药物药理作用的基础物质。原料药是通过化学合成，植物提取或者生物技术等方法所配置的一种药物活性物质。
2、制作原料药必须要依靠中间体
医药中间体是药品合成工艺过程当中的一种化学原料或者是化学产品，也是生产原料药过程中的中间产品，是合成原料药路径当中的一个产物，是在原料药的工艺步骤中产生的，必须要经过下一步的分子变化或精制才能成为原料药的一种物质。而原料药可以直接作为制剂，而中间体只能用来合成下一步产物，通过中间体才能够制造出原料药。
3、生产要求不同
医药中间体是生产原料药过程当中的中间产品，因此在普通的化工厂就可以生产医药中间体。而如果想要生产原料药，则需要获得原料药的生产许可证之后才能够进行生产。
综上所述，可信赖的医药中间体与原料药是两种截然不同的物质，制作医药中间体相对来说门槛较低，而制作原料药则需要满足更高的制作门槛。想要制作原料药，还必须要有合适的医药中间体作为原料。
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